Doanh nghiệp áp dụng ưu đãi thuế TNDN như thế nào khi được hưởng nhiều mức ưu đãi?

Trong bối cảnh chính sách thuế ngày càng được hoàn thiện nhằm thúc đẩy đầu tư và hỗ trợ doanh nghiệp phát triển, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đang trở thành một trong những công cụ quan trọng giúp giảm chi phí và nâng cao năng lực cạnh tranh. Tuy nhiên, trên thực tế, không ít doanh nghiệp gặp lúng túng khi cùng lúc đáp ứng nhiều điều kiện ưu đãi khác nhau về ngành nghề, địa bàn hoặc quy mô đầu tư. Vậy khi được hưởng đồng thời nhiều mức ưu đãi thuế TNDN cho cùng một khoản thu nhập, doanh nghiệp sẽ áp dụng theo nguyên tắc nào? Có được cộng gộp các ưu đãi hay chỉ được lựa chọn một mức ưu đãi duy nhất? Những điểm mới từ Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP sẽ được làm rõ trong bài viết dưới đây.

1. Doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế TNDN khác nhau thì sẽ áp dụng mức ưu đãi nào?

Theo quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 thì doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế TNDN khác nhau thì có thể áp dụng mức ưu đãi thuế TNDN có lợi nhất.

Cụ thể, tại khoản 1 Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định như sau:

“Nguyên tắc, đối tượng áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Doanh nghiệp được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo ngành, nghề ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại Điều này. Mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định tại Điều 13, Điều 14 của Luật này.

Trường hợp luật khác có quy định về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp khác với quy định của Luật này thì thực hiện theo quy định của Luật này, trừ Luật Thủ đô và các nghị quyết quy định cơ chế, chính sách đặc biệt, đặc thù của Quốc hội.

Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau theo quy định của Luật này đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất.”

Theo quy định nêu trên, trường hợp đối với cùng một khoản thu nhập mà doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế TNDN trong cùng một thời gian thì chỉ được lựa chọn 01 mước ưu đãi thuế TNDN.

Theo đó, doanh nghiệp được quyền lựa chọn mức ưu đãi thuế TNDN có lợi nhất.

2. Trường hợp nào được áp dụng ưu đãi thuế TNDN?

Tại Điều 19 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định về các trường hợp áp dụng thuế suất ưu đãi thuế TNDN như sau

(1) Áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm đối với:

(i) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại các điểm a, b, c, d và đ khoản 2 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP; thu nhập của doanh nghiệp quy định tại điểm e khoản 2 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP;

(ii) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư quy định tại điểm g và điểm h khoản 2 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP;

(iii) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới thuộc địa bàn quy định tại điểm a khoản 3 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP;

(iv) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung; dự án đầu tư mới tại khu kinh tế nằm trên địa bàn ưu đãi thuế quy định tại điểm a và điểm b khoản 3 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, bao gồm cả trường hợp dự án đầu tư mới tại khu kinh tế mà vị trí thực hiện dự án đầu tư mới có trên 50% phần diện tích nằm trên địa bàn ưu đãi thuế quy định tại điểm a và điểm b khoản 3 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

(2) Áp dụng thuế suất 10% trong suốt thời gian hoạt động đối với:

(i) Thu nhập của doanh nghiệp tại địa bàn ưu đãi thuế quy định tại điểm b khoản 3 Điều 18 của Nghị định này từ hoạt động thuộc ngành, nghề quy định tại điểm k và điểm l khoản 2 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP;

(ii) Thu nhập của doanh nghiệp từ hoạt động thuộc ngành, nghề quy định tại các điểm i, r và s khoản 2 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP;

(iii) Thu nhập của nhà xuất bản từ hoạt động thuộc ngành, nghề quy định tại điểm t khoản 2 Điều 18 của Nghị định này;

(iv) Thu nhập của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã quy định tại điểm q khoản 2 Điều 18 của Nghị định này không thuộc địa bàn quy định tại khoản 3 Điều 18 của Nghị định này;

(v) Thu nhập của cơ quan báo chí thuộc ngành, nghề quy định tại điểm u khoản 2 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

(3) Áp dụng thuế suất 15% trong suốt thời gian hoạt động đối với thu nhập của doanh nghiệp không thuộc địa bàn quy định tại khoản 3 Điều 18 của Nghị định này từ hoạt động thuộc ngành, nghề quy định tại điểm l khoản 2 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

(4) Áp dụng thuế suất 17% trong thời gian 10 năm đối với:

(i) Dự án đầu tư mới thuộc ngành, nghề ưu đãi quy định tại các điểm m, n và o khoản 2 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP;

(ii) Dự án đầu tư mới thực hiện tại địa bàn quy định tại điểm b khoản 3 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP;

(iii) Dự án đầu tư mới tại khu kinh tế không nằm trên địa bàn quy định tại điểm a và điểm b khoản 3 Điều 18 của Nghị định này, bao gồm cả trường hợp dự án đầu tư mới của doanh nghiệp thực hiện tại khu kinh tế mà vị trí thực hiện dự án đầu tư mới có trên 50% phần diện tích nằm trên địa bàn không phải là địa bàn ưu đãi thuế quy định tại điểm a và điểm b khoản 3 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

(5) Áp dụng thuế suất 17% trong suốt thời gian hoạt động đối với thu nhập của doanh nghiệp tại điểm p khoản 2 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

(6) Việc kéo dài thời gian và áp dụng thuế suất ưu đãi

(i) Thủ tướng Chính phủ quyết định việc kéo dài thêm thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi tối đa không quá 15 năm đối với các trường hợp quy định tại tiểu mục (ii) và (iii) mục này;

(ii) Dự án đầu tư mới quy định tại các điểm a, b, d và đ khoản 2 Điều 18 của Nghị định này, có quy mô vốn đầu tư tối thiểu 6.000 tỷ đồng, có ảnh hưởng lớn về kinh tế – xã hội cần đặc biệt khuyến khích;

(iii) Dự án đầu tư quy định tại điểm g khoản 2 Điều 18 của Nghị định này đáp ứng một trong các tiêu chí sau:

– Sản xuất sản phẩm hàng hóa có khả năng cạnh tranh toàn cầu, doanh thu đạt trên 20.000 tỷ đồng/năm chậm nhất sau 05 năm kể từ khi có doanh thu từ dự án đầu tư;

– Sử dụng thường xuyên trên 6.000 lao động được xác định theo quy định của pháp luật về lao động;

– Dự án đầu tư thuộc lĩnh vực hạ tầng kinh tế kỹ thuật, bao gồm: Đầu tư phát triển nhà máy nước, nhà máy điện, hệ thống cấp thoát nước, cầu, đường bộ, đường sắt, cảng hàng không, cảng biển, cảng sông, sân bay, nhà ga, năng lượng mới, năng lượng sạch, công nghiệp tiết kiệm năng lượng, dự án lọc hóa dầu;

(iv) Đối với dự án đầu tư mới quy định tại điểm h khoản 2 Điều 18 của Nghị định này, Thủ tướng Chính phủ quyết định việc áp dụng thuế suất giảm không quá 50% mức thuế suất quy định tại khoản 1 Điều này; thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi không quá 1,5 lần so với thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi quy định tại khoản 1 Điều này và được kéo dài thêm không quá 15 năm nhưng không vượt quá thời hạn của dự án đầu tư.

(7)Thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi đối với thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới của doanh nghiệp quy định tại Điều này (bao gồm cả dự án nêu tại điểm g khoản 2 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP) được tính từ năm đầu tiên dự án đầu tư mới của doanh nghiệp có doanh thu.

Trường hợp doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao, Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ, Giấy chứng nhận dự án ứng dụng công nghệ cao, Giấy xác nhận ưu đãi dự án sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ sau thời điểm phát sinh doanh thu thì thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi được tính kể từ năm được cấp Giấy chứng nhận, Giấy xác nhận ưu đãi.

3. Kỳ tính thuế TNDN được quy định như thế nào?

Tại Điều 5 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định về kỳ tính thuế TNDN như sau:

(1) Kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp được xác định theo năm dương lịch hoặc năm tài chính do doanh nghiệp lựa chọn, trừ trường hợp quy định tại mục (2).

Trường hợp doanh nghiệp lựa chọn năm tài chính khác với năm dương lịch thì thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước khi thực hiện.

(2) Kỳ tính thuế đối với doanh nghiệp quy định tại điểm c, điểm d khoản 2 Điều 2 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Có thể thấy, pháp luật hiện hành đã quy định tương đối rõ nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế TNDN trong trường hợp doanh nghiệp đồng thời đáp ứng nhiều điều kiện ưu đãi khác nhau. Theo đó, doanh nghiệp không được cộng dồn các mức ưu đãi mà được quyền lựa chọn mức ưu đãi có lợi nhất đối với cùng một khoản thu nhập trong cùng thời gian hưởng ưu đãi. Đây là cơ chế quan trọng giúp doanh nghiệp tối ưu nghĩa vụ thuế nhưng vẫn bảo đảm tính minh bạch và thống nhất trong áp dụng pháp luật. Bên cạnh việc xác định đúng mức ưu đãi, doanh nghiệp cũng cần lưu ý về thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi, điều kiện hưởng ưu đãi theo từng lĩnh vực, địa bàn và quy định về kỳ tính thuế để tránh sai sót trong kê khai, quyết toán thuế.