Doanh nghiệp mới thành lập có được lựa chọn khai thuế GTGT theo Quý từ 01/7/2026 không?

Khai thuế GTGT theo tháng hay theo quý là vấn đề doanh nghiệp cần xác định đúng ngay từ khi bắt đầu hoạt động, bởi điều này ảnh hưởng trực tiếp đến thời hạn và cách thức thực hiện nghĩa vụ kê khai thuế. Theo quy định mới áp dụng từ 01/7/2026, doanh nghiệp mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh được lựa chọn khai thuế GTGT theo quý. Vậy quy định này được áp dụng cụ thể ra sao? Hồ sơ khai thuế GTGT phải nộp tại cơ quan nào và việc kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào cần lưu ý những gì? Cùng Luật Hùng Phúc tìm hiểu chi tiết qua bài viết dưới đây.

1. Doanh nghiệp mới thành lập có được lựa chọn khai thuế GTGT theo Quý từ 01/7/2026 không?

Từ 01/7/2026, doanh nghiệp mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh thì được lựa chọn khai thuế giá trị gia tăng theo quý.

Nếu doanh thu năm mới bắt đầu ra kinh doanh từ 50 tỷ đồng trở xuống thì sau khi sản xuất kinh doanh đủ 12 tháng, kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm đã đủ 12 tháng, người nộp thuế căn cứ mức doanh thu của năm dương lịch trước liền kề (đủ 12 tháng) để xác định kỳ tính thuế giá trị gia tăng theo tháng hoặc theo quý.

Nếu doanh thu năm dương lịch mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh trên 50 tỷ đồng (bao gồm cả trường hợp hoạt động, kinh doanh không đủ 12 tháng) thì người nộp thuế kê khai theo tháng kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm mới hoạt động, kinh doanh.

Theo khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định khai thuế giá trị gia tăng như sau:

“Khai thuế giá trị gia tăng

1. Kỳ tính thuế:
2. a) Khai thuế giá trị gia tăng là loại khai thuế theo tháng, trừ các trường hợp quy định tại điểm b và điểm c khoản này;
3. b) Khai thuế giá trị gia tăng theo quý:

b.1) Đối tượng khai thuế giá trị gia tăng theo quý:

b.1.1) Người nộp thuế thuộc diện khai thuế giá trị gia tăng theo tháng nếu có tổng doanh thu bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống thì được lựa chọn khai thuế giá trị gia tăng theo quý. Doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ được xác định là tổng doanh thu trên các tờ khai thuế giá trị gia tăng của các kỳ tính thuế trong năm dương lịch. Trường hợp người nộp thuế thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính cho đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh thì doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ bao gồm cả doanh thu của đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh;

b.1.2) Trường hợp người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh thì được lựa chọn khai thuế giá trị gia tăng theo quý. Trường hợp doanh thu năm mới bắt đầu ra kinh doanh từ 50 tỷ đồng trở xuống thì sau khi sản xuất kinh doanh đủ 12 tháng, kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm đã đủ 12 tháng, người nộp thuế căn cứ mức doanh thu của năm dương lịch trước liền kề (đủ 12 tháng) để xác định kỳ tính thuế giá trị gia tăng theo tháng hoặc theo quý. Trường hợp doanh thu năm dương lịch mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh trên 50 tỷ đồng (bao gồm cả trường hợp hoạt động, kinh doanh không đủ 12 tháng) thì người nộp thuế kê khai theo tháng kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm mới hoạt động, kinh doanh;

b.1.3) Người nộp thuế có trách nhiệm tự xác định thuộc đối tượng khai thuế theo tháng hay khai thuế theo quý để thực hiện khai thuế theo quy định.”

2. Nộp hồ sơ khai thuế GTGT cho cơ quan nào?

Theo khoản 2 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế GTGT như sau:

– Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp; người nộp thuế thuộc trường hợp phân bổ theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 15 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP thì thực hiện khai thuế giá trị gia tăng tập trung tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc khai thuế giá trị gia tăng của hoạt động kinh doanh, đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại cơ quan thuế quản lý khoản thu nơi phát sinh hoạt động kinh doanh và phân bổ nghĩa vụ thuế phải nộp cho từng địa bàn nơi được hưởng nguồn thu ngân sách nhà nước theo quy định tại khoản 3 Điều này, trừ trường hợp quy định tại điểm b khoản này;

– Người nộp thuế có hoạt động kinh doanh, đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại địa bàn tỉnh khác nơi đóng trụ sở chính thực hiện khai riêng thuế giá trị gia tăng của hoạt động kinh doanh, đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại cơ quan thuế quản lý khoản thu nơi phát sinh hoạt động kinh doanh như sau:

• Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản của dự án đầu tư cơ sở hạ tầng, nhà để chuyển nhượng (bao gồm cả trường hợp có thu tiền ứng trước của khách hàng theo tiến độ) tại cơ quan thuế nơi có hoạt động chuyển nhượng bất động sản;
• Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động của nhà máy sản xuất điện tại cơ quan thuế nơi có nhà máy sản xuất điện;
• Đơn vị phụ thuộc có tài khoản ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, sử dụng hóa đơn của đơn vị phụ thuộc đăng ký với cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc, theo dõi hạch toán đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu ra, đầu vào;
• Người nộp thuế có dự án đầu tư thuộc trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định pháp luật về thuế giá trị gia tăng và có nhu cầu hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư thì khai thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Trường hợp người nộp thuế do Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử quản lý có dự án đầu tư thì nộp hồ sơ khai thuế đối với dự án đầu tư cho Thuế tỉnh nơi có dự án đầu tư.
• Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh khác với nơi người nộp thuế đóng trụ sở chính, có thành lập hoặc giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư. Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư.
• Trường hợp dự án đầu tư thực hiện trên nhiều địa bàn tỉnh có thành lập hoặc giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới. Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Đối với dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí ở ngoài khơi nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam theo Hợp đồng dầu khí, người điều hành của hợp đồng dầu khí nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

– Trường hợp người nộp thuế có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh đóng trụ sở ở địa bàn tỉnh cùng với nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng chung cho cả đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp; trường hợp đơn vị phụ thuộc có con dấu, có tài khoản ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, sử dụng hóa đơn của đơn vị phụ thuộc đăng ký với cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc, theo dõi hạch toán đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu ra, đầu vào và có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng thì đơn vị phụ thuộc khai thuế, nộp thuế giá trị gia tăng tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị phụ thuộc;

– Cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của tổ chức khấu trừ, nộp thay số thuế đã khấu trừ và tổ chức khai thuế thay, nộp thay thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 và các điểm c.1, d và điểm k khoản 2 Điều 22 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP:

• Đối với tài sản bảo đảm là bất động sản: cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế nơi có bất động sản chuyển nhượng;
• Đối với tài sản bảo đảm là tài sản khác: cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế quản lý trực tiếp cơ quan, tổ chức bán tài sản bảo đảm.

3. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nào thì được khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó đúng không?

Theo khoản 5 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định khấu trừ thuế giá trị gia tăng như sau:

“Khấu trừ thuế giá trị gia tăng

5. Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng, quý nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng, quý đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng, quý thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.

6. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:

7. a) Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).

8. b) Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.”

Theo đó, thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng, quý nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng, quý đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.

Bên cạnh đó, số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng, quý thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.

Như vậy, từ 01/7/2026, doanh nghiệp mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh được lựa chọn khai thuế GTGT theo quý theo quy định pháp luật. Bên cạnh việc xác định đúng kỳ khai thuế, doanh nghiệp cũng cần lưu ý về cơ quan tiếp nhận hồ sơ khai thuế, cách kê khai tại đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh, dự án đầu tư cũng như nguyên tắc kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Việc nắm rõ và thực hiện đúng các quy định ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong công tác thuế, hạn chế sai sót và những rủi ro pháp lý không đáng có trong quá trình hoạt động. Nếu Quý doanh nghiệp còn vướng mắc về kê khai thuế GTGT, chính sách thuế mới hoặc các thủ tục pháp lý trong quá trình hoạt động, Luật Hùng Phúc sẵn sàng đồng hành và hỗ trợ.