Doanh nghiệp có giao dịch liên kết cần lưu ý gì khi quyết toán thuế TNDN?

Giao dịch liên kết là một trong những nội dung doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý khi xác định nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp. Không chỉ các tập đoàn lớn, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài mà cả doanh nghiệp trong nước cũng có thể thuộc phạm vi áp dụng nếu phát sinh quan hệ liên kết và giao dịch thuộc diện điều chỉnh. Với kỳ tính thuế năm 2026, việc xác định đúng quan hệ liên kết, giao dịch liên kết, lập hồ sơ và kê khai đầy đủ ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế đáng kể rủi ro khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.

1. Giao dịch liên kết là gì?

Theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, giao dịch liên kết được hiểu là các giao dịch phát sinh giữa các bên có quan hệ liên kết. Phạm vi giao dịch khá rộng, có thể bao gồm mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, vay và cho vay, dịch vụ tài chính, chuyển nhượng tài sản hữu hình hoặc vô hình, cũng như các thỏa thuận dùng chung nguồn lực, chia sẻ chi phí giữa các bên liên kết. Điều này đồng nghĩa với việc doanh nghiệp không nên chỉ hiểu “giao dịch liên kết” là trường hợp công ty mẹ cho công ty con vay hoặc các doanh nghiệp trong cùng tập đoàn mua bán hàng hóa với nhau.

Trên thực tế, một doanh nghiệp có thể phát sinh giao dịch liên kết thông qua khoản vay, tiền lãi, phí dịch vụ, tiền bản quyền, chuyển nhượng tài sản, sử dụng thương hiệu hoặc phân bổ chi phí giữa các bên có quan hệ liên kết.

Do đó, việc xác định doanh nghiệp có thuộc diện quản lý thuế đối với giao dịch liên kết hay không cần được thực hiện dựa trên cả quan hệ giữa các bên và bản chất của giao dịch, thay vì chỉ căn cứ vào tên gọi của hợp đồng.

2. Doanh nghiệp nào cần đặc biệt lưu ý?

Một trong những bước quan trọng nhất trước khi quyết toán thuế TNDN năm 2026 là xác định doanh nghiệp có tồn tại quan hệ liên kết theo quy định hay không. Quan hệ liên kết có thể phát sinh thông qua nhiều hình thức như sở hữu vốn, quyền kiểm soát, quan hệ vay vốn hoặc các mối quan hệ khác theo quy định pháp luật về quản lý thuế.

Đặc biệt, doanh nghiệp cần rà soát các trường hợp như:

• Công ty mẹ – công ty con;
• Các doanh nghiệp có chung chủ sở hữu hoặc chịu sự kiểm soát của cùng một chủ thể;
• Doanh nghiệp có giao dịch vay, cho vay với bên có quan hệ liên kết;
• Doanh nghiệp thực hiện giao dịch với doanh nghiệp liên kết ở nước ngoài;
• Các giao dịch cung cấp dịch vụ, chuyển giao tài sản, tài sản vô hình hoặc phân bổ chi phí giữa các bên liên kết.

Nghị định 132/2020/NĐ-CP hiện là văn bản quan trọng về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết và đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP. Các quy định này là một trong những căn cứ được sử dụng khi thực hiện quyết toán thuế TNDN.  

3. Vấn đề doanh nghiệp cần rà soát trước khi quyết toán thuế TNDN năm 2026

3.1. Rà soát toàn bộ quan hệ sở hữu và kiểm soát

Doanh nghiệp nên lập sơ đồ về cơ cấu sở hữu, vốn góp và quyền kiểm soát để xác định chính xác các bên có khả năng thuộc quan hệ liên kết. Việc rà soát không nên chỉ dừng ở doanh nghiệp trực tiếp sở hữu vốn mà cần xem xét cả các mối quan hệ liên quan theo quy định pháp luật.Đây là bước quan trọng bởi nếu xác định sai ngay từ đầu rằng doanh nghiệp “không có bên liên kết”, doanh nghiệp có thể bỏ sót nghĩa vụ kê khai và chuẩn bị hồ sơ liên quan.

3.2. Kiểm tra các giao dịch phát sinh trong năm

Sau khi xác định các bên có quan hệ liên kết, doanh nghiệp cần rà soát các giao dịch đã phát sinh trong năm 2026. Các giao dịch cần đặc biệt chú ý gồm mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, vay và cho vay, thanh toán lãi vay, chuyển nhượng tài sản, chuyển giao tài sản vô hình và các khoản phân bổ chi phí. Đây đều là những nhóm giao dịch nằm trong phạm vi quản lý thuế đối với giao dịch liên kết. Doanh nghiệp nên đối chiếu giữa hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán và số liệu kế toán để bảo đảm các giao dịch được phản ánh thống nhất.

3.3. Xác định nghĩa vụ kê khai giao dịch liên kết

Không phải cứ có giao dịch với bên liên kết là doanh nghiệp có thể bỏ qua việc kê khai chỉ vì giá trị giao dịch không lớn. Doanh nghiệp cần xác định mình có thuộc trường hợp phải kê khai, lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết hay thuộc trường hợp được miễn theo quy định. Việc xác định đúng ngay từ thời điểm lập báo cáo quyết toán sẽ giúp hạn chế tình trạng đến khi cơ quan thuế kiểm tra mới phát hiện doanh nghiệp chưa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ.

3.4. Chuẩn bị hồ sơ chứng minh tính phù hợp của giao dịch

Một trong những vấn đề doanh nghiệp cần quan tâm là khả năng giải trình về giá, điều kiện giao dịch và phương pháp xác định giá khi thực hiện giao dịch với bên liên kết. Nghị định 132/2020/NĐ-CP đặt ra các nguyên tắc và phương pháp xác định giá giao dịch liên kết, đồng thời quy định về quyền, nghĩa vụ của người nộp thuế và thủ tục kê khai.  Vì vậy, doanh nghiệp nên lưu giữ đầy đủ hợp đồng, phụ lục hợp đồng, chứng từ thanh toán, hồ sơ kế toán và tài liệu giải trình cơ sở xác định mức giá.Đối với những giao dịch có giá trị lớn hoặc cấu trúc phức tạp, việc chuẩn bị hồ sơ ngay trong năm sẽ thuận lợi hơn nhiều so với việc thu thập lại tài liệu sau khi cơ quan thuế đã yêu cầu giải trình.

4. Chi phí lãi vay và giao dịch liên kết: Doanh nghiệp không nên bỏ qua

Các khoản vay giữa những bên có quan hệ liên kết là một trong những nội dung cần được doanh nghiệp đặc biệt lưu ý. Bên cạnh việc xác định quan hệ liên kết và giao dịch liên kết, doanh nghiệp cần xem xét việc xác định chi phí lãi vay được trừ khi tính thuế TNDN theo các quy định hiện hành. Quy định về giao dịch liên kết có liên quan đến việc xác định và giới hạn chi phí lãi vay trong một số trường hợp; phần chi phí lãi vay không được trừ có cơ chế chuyển sang các kỳ tính thuế tiếp theo theo điều kiện luật định. Vì vậy, doanh nghiệp có tỷ lệ vay vốn lớn, đặc biệt là vay từ công ty mẹ, doanh nghiệp cùng nhóm hoặc bên có quan hệ liên kết, nên rà soát riêng nhóm giao dịch này trước khi thực hiện quyết toán thuế TNDN năm 2026.

5. Quy định thuế TNDN mới cũng cần được doanh nghiệp cập nhật

Bên cạnh quy định chuyên biệt về giao dịch liên kết, doanh nghiệp thực hiện quyết toán thuế TNDN năm 2026 cũng cần cập nhật hệ thống quy định thuế TNDN mới. Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.  Đồng thời, Thông tư 20/2026/TT-BTC được Bộ Tài chính ban hành ngày 12/3/2026, có hiệu lực từ cùng ngày, hướng dẫn chi tiết một số nội dung của Luật Thuế TNDN và Nghị định 320/2025/NĐ-CP.  Do đó, khi chuẩn bị hồ sơ cho kỳ tính thuế 2026, doanh nghiệp cần tránh chỉ sử dụng các biểu mẫu, cách hiểu hoặc quy trình đã áp dụng ở những năm trước mà chưa rà soát các quy định mới.

6. Rủi ro nào nếu doanh nghiệp xác định sai giao dịch liên kết?

Việc không xác định đúng quan hệ liên kết hoặc kê khai không đầy đủ có thể khiến doanh nghiệp gặp khó khăn khi giải trình với cơ quan thuế. Đặc biệt, nếu doanh nghiệp không chuẩn bị đầy đủ hồ sơ chứng minh cơ sở xác định giá giao dịch, cơ quan thuế có thể đặt vấn đề về tính phù hợp của các giao dịch và các khoản chi phí liên quan khi xác định nghĩa vụ thuế.

Rủi ro không chỉ nằm ở khoản thuế phải nộp bổ sung mà còn có thể liên quan đến tiền chậm nộp, xử phạt vi phạm hành chính về thuế và các nghĩa vụ khắc phục khác, tùy theo hành vi và mức độ vi phạm. Vì vậy, giao dịch liên kết không nên được xem là vấn đề chỉ xử lý vào thời điểm lập báo cáo quyết toán. Đây là nội dung doanh nghiệp nên kiểm soát ngay trong quá trình phát sinh giao dịch.

7. Doanh nghiệp nên chuẩn bị gì cho quyết toán thuế TNDN năm 2026?

Để chủ động hơn, doanh nghiệp có thể thực hiện một số bước sau:

Một là, rà soát cơ cấu sở hữu, vốn góp và quyền kiểm soát để xác định các bên có quan hệ liên kết.

Hai là, lập danh sách toàn bộ giao dịch phát sinh với các bên liên kết trong năm 2026.

Ba là, phân loại giao dịch theo từng nhóm: hàng hóa, dịch vụ, vay – cho vay, lãi vay, tài sản, tài sản vô hình, phân bổ chi phí,…

Bốn là, kiểm tra nghĩa vụ kê khai và xác định trường hợp có phải lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết hay được miễn theo quy định.

Năm là, chuẩn bị hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán và các tài liệu chứng minh cơ sở xác định giá.

Sáu là, rà soát riêng các khoản vay và chi phí lãi vay với bên liên kết để hạn chế sai sót khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

Giao dịch liên kết là vấn đề có tính chuyên môn cao và thường gắn với nhiều yếu tố như cơ cấu sở hữu, tài chính, kế toán, hợp đồng và hoạt động kinh doanh thực tế. Vì vậy, doanh nghiệp cần đánh giá tổng thể thay vì chỉ kiểm tra riêng một giao dịch hoặc một khoản chi phí. Việc chủ động rà soát trước kỳ quyết toán sẽ giúp doanh nghiệp nhận diện sớm các giao dịch có rủi ro, hoàn thiện hồ sơ chứng minh và hạn chế phát sinh nghĩa vụ thuế ngoài dự kiến.